La ciudad “Santa María de los Buenos Aires” fundada por Don Pedro de Mendoza en 1536, fue una empalizada de tierra y troncos con viviendas de barro y paja en su interior, duró cinco años. En 1580, Juan de Garay funda por segunda vez la ciudad (esta vez urbana, de calles y manzanas) y la denomina “De la Santísima Trinidad” en el puerto de Santa María de los Buenos Aires.
En 1595 comienza la construcción del fuerte, uno de los primeros edificios públicos. Refiere Julio Jaimes Respide en Paseos evocativos por el viejo Bueno Aires, editorial Peuser, 1934, que estaba ubicado en donde hoy está la Casa Rosada, sobre una barranca que daba al Río de la Plata. Don Fernando de Zárate levanta en el lugar murallones de tierra apisonada y lo bautiza “Real fortaleza de San Juan Baltasar de Austria”; posteriormente se denominaría “Castillo de San Miguel Arcángel del Buen Ayre”. Su función era la de proteger a la ciudad y la boca del río de los ataques de escuadras enemigas o corsarios.
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En 1610, el Cabildo autoriza nuevos bastiones con cañones. Años después, Hernandarias y Martínez de Salazar lo mejoran. En 1708, el ingeniero militar Bermúdez comenzó la reconstrucción definitiva, tomando la forma completa que conocemos hoy día: una fortaleza de planta rectangular irregular (130 x 170 metros) con foso inundable y puente levadizo al estilo de los castillos medievales, muros de ladrillo y piedra, cuatro baluartes con cañones, garitas para centinelas y en su interior, una variedad de edificios: cuarteles, depósitos, habitaciones del gobernador, sala de armas y talleres.
Durante las invasiones inglesas tenía su guarnición, aunque el cuartel principal de la ciudad estaba en la esquina de Perú y Alsina donde se acantonaba el fijo de infantería de Buenos Aires. El fuerte fue de muy poca utilidad durante los combates y es allí donde William Carr Beresford se rinde a Liniers el 12 de agosto de 1806.
El historiador Juan Beverina, en su tríptico “Las invasiones Inglesas al río de la Plata” dice que el fuerte más que una obra defensiva en el rígido concepto militar, constituía una construcción de carácter simbólico, por existir en su recinto los alojamientos del virrey, de la real audiencia, la armería real y los reales almacenes. Fue residencia de gobernadores, asiento de la primera junta del gobierno patrio, de los gobernadores de Buenos Aires y presidentes de la república. Juan Manuel de Rosas solo lo utilizó para cuartel, ya que el gobierno operaba desde el caserón de Palermo. El fuerte fue junto al Cabildo (1725) y la Catedral (1791) de los más importantes edificios públicos de la ciudad. La recova desapareció en 1883 y la aduana Taylor fue demolida en 1894 para crear la actual Plaza Colón.
Demostrado que era anticuado técnicamente y poco efectivo como fortaleza (el río chato y sus bancos de arena protegían a la ciudad de los barcos enemigos y un posible desembarco), Rivadavia le introduce mejoras, pero en 1853 el gobernador Obligado lo demuele, quedando solo el pórtico de ingreso y la casa de gobierno. Sarmiento, en 1873 construye la casa de correos y por esa época se empieza a llamar al conjunto “Casa Rosada”. Roca levanta en 1881 otro edificio y demuele lo que quedaba, el fuerte no encajaba en el espíritu modernista de la época. Para 1894 ya es un conjunto armónico y digno de media docena de construcciones (lo que actualmente es la casa de gobierno) sutilmente unificadas, pero sin vestigios de la vieja fortaleza.
Hoy día, quedan restos de muros y troneras de un sector que miraba al rio. Los mismos pueden ser observados visitando el Museo de la Casa Rosada.